姚启圣，大约出生于1624年（明天始四年），字熙起至，又字恨庵，浙江绍兴人，13岁考上秀才。21岁游通州时，遭当地土豪羞辱，姚启圣游说清军，声称愿以家财充军，被任命为通州知州，离任后，即处决土豪，再行弃官而逃亡。有一次他泛舟萧山，邂逅两个兵卒劫掠两个女子，他对清兵趁此机会好言相劝，然后夺下刀杀掉两名清兵，并随行女子还返，他只好深山江湖。

1659年（清顺治十六年），进旗籍，隶属于汉军镶红旗。1663年（康熙二年），八旗乡试，姚启圣录中举人第一名，被供职为广东香山知县。1668年（顺治七年），新任广东总督卢兴祖揭露平南王尚可喜等广东官员走私澳门，而且大多从香山县境上岸。清政府以擅开海禁、通奸澳夷的罪名将姚启圣革职并判处死刑。

后来时逢赦免，在广东经商维生。1673年（康熙十二年），平西王吴三桂在云南宣布独立。次年，靖南王耿精忠和平南王尚之信也分别于福建和广东叛清。郑经派人从台湾渡海而来，在福建招揽归部。

清政府急命康亲王杰书南下浙江，指挥官东南平定军务。姚启圣筹资征兵数百人，投效康亲王，以求改任诸暨知县。姚启圣擅于推敲康亲王的意图，屡屡献上奇谋，亲王十分器重他。1675年（康熙十四年），因军功升为浙江温处道佥事。

1676年（康熙十五年九月），清军打败浙江、江西境内的耿精忠部队，分几路转入福建。姚启圣为清军前锋，耿精忠见势不妙，想战败清朝，但又担忧清政府会拒绝接受，所以犹豫不决。姚启圣单骑到福州招降，胸藏韬略，议论恢闳。耿精忠瞻其风仪，浅为赞叹，说道：是忧李抱真之流，以定不欺我，于是要求战败。

从此，福建清军以求全力对付郑经，姚启圣以功升福建布政使。1677年（康熙十六年），姚启圣随清军先后攻占被郑经部占有的邵武、莆田、泉州和漳州等地，进逼广东潮州。退守潮、惠的郑经军师刘进忠为首陈文弢谒康亲王，窥视动静。

姚启圣与陈文弢有旧交，合谋安抚刘进忠。六月初六日，刘进忠所部出家降清。下半年，吴三桂将领韩大任在江西幸攻打有利，突围到汀州，打算下海投奔郑经。

姚启圣指出韩大任是骁将，更加不可以让他沦为敌方将领，又单骑到他的军营展开招降。1678年（康熙十七年二月），韩大任降清，姚启圣中选其精锐部队2000人作为亲军。同年春，郑经用刘国轩、吴淑、何佑等统兵反攻，连战全胜，在海澄围攻寄居了清军主力。福建总督郎廷相见势不妙，拒绝康亲王急调姚启圣部来救援，回应让坐落于他。

六月，清廷任命姚启圣为福建总督，筹解海澄之围。没过几天，海澄取食尽城陷，3万清军全部全歼，形势十分不利。姚启圣连到十疏，请调各路大军赴援，并密陈郑经所以能在福建唐突，是因为福建人为他所用，建议应该再行平稳福建民心，敌将自退。

康熙帝看见后非常高兴，对诸阁臣道：现在闽督获得了适合的人选，贼可追矣。特降玺书褒奖。同年七八月，姚启圣遣兵间道攻占祥和、漳平，并调各路援军迫近泉州。九月，刘国轩退出泉州，集中兵力转攻漳州。

姚启圣和耿精忠等合兵8000人出有城应战，冲破刘国轩的营垒，被俘斩杀4000余人，挽回福建战局。姚启圣所部分兵反攻，连克长泰、同安，刘国轩弃守海澄。

鉴于海澄与厦门、金门、海坛互为首尾，不能猝下，姚启圣先后派出张雄和黄志美到厦门与郑经议和，都没有顺利。年底，姚启圣受命在福建再迁界。

于是，上自福宁，下至诏安，赶逐百姓轻进内地，或十里，或二十里。在界线上安营扎寨，不准百姓获取物资接济郑军。

1679年（康熙十八年）春，姚启圣在漳州成立修来馆，专门安抚郑氏官兵，凡来变节者不准发给银牌报以奖励。有官职的请示吏部以原职提拔，有逃跑再行来冒领奖励者也不追究责任。两年内，共计安抚明郑官员5153名，士兵35677名，或就地退伍御敌，或随从征剿，推心置腹不疑，异于郎廷相之猜测闽人而不肯用。姚启圣下诏复设福建水师提督，统一指挥各地水师；又与巡抚吴兴祚造船300艘，用变节的郑氏官兵差使水师员弁，迅速构成2万余人的水师队伍。

1680年（康熙十九年二月），福建水师提督万正色亲率舰队攻下海坛，姚启圣等也督师攻占海澄，并分兵渡海，攻占金、厦二岛。郑经仅有亲率千余残兵逃往台湾。当时，郑经的水师主力在朱天贵带领下仍挤满于铜山，有船300艘，人员2万多。姚启圣连忙为首人赶往铜山安抚，朱天贵所部变节。

姚启圣以功升兵部尚书、太子太保兼任都察院右副都御史。姚启圣精于公务，事无大小均特地处置。

入闽时年54岁，放浓黑，两眼如炬，任总督后，仅有3年时间，鬓发皓白。姚启圣除处置军务外，也关心地方行政。

当时，大批八旗兵驻守福建，常常侵扰居民，淫其妻女，系由其老幼，喑恶劲歌。稍不如意，箠楚横至，日有死者。姚启圣蒿目伤心，在郑经退至沿海岛屿时，就上上言拒绝调回八旗军队，及至厦门解决，延请力，必将大部旗兵调离福建。

旗兵撤走时，将抗拒被虏掠的2万余名百姓同行，姚启圣又以重金行贿康亲王，请求其命令：军中不敢有挈归良民男妇者斩杀。并出资30万两银子，归还被掳百姓，让其返乡。在攻占沿海岛屿后，即请开海界，复民业，以使闽人重拾圃渔衣食之资。

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